Thomas Leininger studierte Cembalo, Orgel, historischen Generalbaß und Improvisation an der Schola Cantorum Basiliensis. 2009 wurde ihm der Förderpreis des Basler Organistenverbandes verliehen. Als Komponist konnte Thomas Leininger seine zweite Oper bereits 2003 mit Unterstützung der Ernst von Siemens-Stiftung uraufführen. Dem 2005 im Rahmen der Händelfestspiele vom Badischen Staatstheater Karlsruhe erteilten Auftrag zur Ergänzung der unvollständig überlieferten Orchestersätze und Arien der Oper „Almira“ folgten 2006 und 2009 Aufträge des Staatstheaters Heidelberg zur Rekonstruktion bzw. Neukomposition der verlorenen Teile von Antonio Vivaldis Opern Motezuma und Bajazet, die mit großem Erfolg in Deutschland, Mexico und der Schweiz aufgeführt wurden. Rezitative und Ensemblesätze zu Galuppis Oper „Arcifanfano“ wurden 2008 im historischen Stil ergänzt und im Ekhof Theater/Gotha sowie Basel zur Aufführung gebracht. Im Jahr 2012 erfolgte die Uraufführung der ersten barocken Kinderoper "Dino und die Arche" im Rahmen der Karlsruher Händelfestspiele, 2013 der Auftrag für ein Weihnachtsoratorium für Kinder durch die Margarethen-Kantorei Binningen (Libretto: Tina Hartmann). Im Jahr 2004 war Thomas Leininger Stipendiat des Deutschen Studienzentrums in Venedig, wo er sich der Erforschung der Opern Pierfrancesco Cavallis widmete. Thomas Leininger ist Autor der Artikel „Aufführungspraxis“ und „Rezitativ“ des 2010 im Laaber-Verlag erschienenen Händel-Lexikons. Seit 2016 unterrichtet Thomas Leininger Aufführungspraxis und
Generalbass an der Schola Cantorum Basiliensis.